Qərbi Azərbaycandan – indiki Ermənistan ərazisindən Azərbaycan türklərinin ilkin qaçqınlıq dövrü 1801-ci ildə Rusiyanın Şərqi Gürcüstanı ilhaq etməsi və bunun nəticəsində Şəmşədil və Loru-Pəmbək bölgələrinin rusların əlinə keçməsi anından başlamışdır. 1801-ci il iyulun 13-də general-mayor Lazerev Qafqaz qoşunlarının komandanı Knorrinqə göndərdiyi raportunda göstərirdi ki, Pəmbək əyalətinin 14 kəndindən təxminən 5-6 min türk əhalisi bölgəni tərk edərək İrəvan xanlığı ərazisinə sığınmışlar. Sonralar Pəmbək əyaləti türklərinin bir hissəsi Rusiyanın itaətinə girmək istəmədikləri üçün üsyan etmiş, 1804-ci ilin iyulunda Pəmbək bəyləri Rəhim bəy və Səid bəyin himayəsi altında bölgədən qaçaraq Qars paşalığına sığınmışdılar. Onların geri qaytarılması üçün knyaz Sisianov dəfələrlə Qars paşası Məmməd paşaya müraciət etmişdi.
1804-cü ilin yazında İrəvan xanlığının ərazisindən 2 min erməni gizlincə qaçaraq rusların himayəsinə keçmiş və onlar Loru-Pəmbək bölgəsində məskunlaşdırılmışdılar. Həmin il rus qoşunları Şörəyelə daxil olur. 1805-ci il oktyabrın 20-də Şörəyel sultanı Budaqla knyaz Sisianov Gəncədə Şörəyelin əbədi olaraq Rusiyanın tabeliyinə keçməsi haqqında sənəd imzalayırlar. Məhz bundan sonra həmin ərazidə yaşayan türklərin qaçqınlıq dövrü başlanmışdır. Şörəyel kəndlərinin Qarapapaq boyundan olan əhalisinin bir hissəsi 1807-ci il rus-türk müharibəsi nəticəsində öz yer yurdlarını tərk edərək İrəvan xanlığının və Qars paşalığının ərazilərində sığınacaq tapmışdılar.
Qarapapaq tayfaları fürsət tapan kimi əvvəllər yaşadıqları kəndlərə hücum edib erməniləri qovmaq istəyirdilər. 1807-ci il avqustun 26-da general Nesvetayev qraf Qudoviçə yazdığı məktubda göstərirdi ki. qarapapaqlar Gümrü yaxınlığında yerləşən Tapanlı və Qoçqant kəndlərinə basqın etmiş, 7 erməninin başını kəsmişlər. Oktyabrın 29-da göndərilən raporta isə Şörəyelin yerli sakinlərindən 26 ailənin Qars paşalığına qaçdıqları qeyd edilir. Şərqi Anadoluda yaşayan ermənilər İrəvan xanlığının ruslar tərəfindən işğalını səbirsizliklə gözləyirdilər. Bayazid paşalığında yaşayan ermənilər 1806-ci ilin sentyabr ayında Tiflisə məktub göndərmişdilər ki, rus qoşunları İrəvanı ələ keçirən kimi, 10000 erməni hər şeylərini atıb gələcəklər. Ərzurum ermənilərindən 200 ailə rusların İrəvanı ələ keçirdiklərini eşidib hətta yola düşüblərmiş. Onlar Qarsa çatanda bu xəbərin yalan olduğunu eşidib, orada gözləməyə məcbur olmuşdular. Eyni zamanda həmin məktubda göstərilir ki, İrəvan sakinlərindən (xanlığın ərazisindən) 500 tatar (azərbaycanlı) ailəsi Qarsa köçmüşdür. Rus qoşunları Şörəyelə daxil olanadək sultanlığın ərazisində 170-ə yaxın kənd olmuşdur. 1805-ci ilin statistik məlumatlarına görə isə Şörəyeldə sultan Budağın itaətində cəmisi 524 ailə yaşamışdır. Həmin ərazidə rusların istər türklərlə, istər İrəvan xanının, istərsə də İran şahının vəliəhdi Abbas Mirzənin qoşunları ilə müharibələri nəticəsində Şörəyelin kəndlərinin əksəriyyəti xaraba qalmış, əhalisi isə qaçqın düşmüşdür. Sonradan həmin ərazidə Türkiyədən gələn ermənilər məskunlaşmışdılar. Sultan Budaq və kapitan Cəfər bəyin 1809-cu ilin dekabrında general-mayor Haqverdova yazdıqları ərizədə göstərilirdi ki, İranla müharibə nəticəsində kəndlər dağıdılıb xaraba qalmış və bütün Şörəyel əyalətində cəmisi 250 ev qalmışdır. 1813-cü il oktyabrın 12-də Rusiya ilə İran arasında bağlanan Gülüstan müqaviləsinə əsasən Şəmşədil, Loru-Pəmbək və Şörəyel əyalətləri Gəncə, Qarabağ, Şəki, Şirvan, Bakı, Quba, Dərbənd, Talış xanlıqları və Dağıstan həmişəlik Rusiyanın tərkibinə qatılır. 19-cu əsrin əvvəllərində İrəvan xanlığı 15 mahaldan – Qırxbulaq, Zəngibasar, Gərnibasar, Vedibasar, Şərur, Sürməli, Dərəkənd-Parçanis, Səədli, Talın, Seyidli-Ağsaqqallı, Sərdarabad, Körpübasar, Abaran, Dərəçiçək və Göyçə mahallarından ibarət idi. Xanlığın mərkəzi İrəvan şəhərini 1804-1813-cü illərdə ruslar ələ keçirmək üçün iki dəfə cəhd göstərmişdilərsə də, buna nail olmamışdılar. Gülüstan müqaviləsinin bağlanmasından 14 il sonra yenidən başlanan Rusiya-İran müharibəsi zamanı 1827-ci il iyunun 26-da ruslar
Naxçıvan şəhərini, sentyabrın 20-də Sərdarabad qalasını, oktyabrın 1-də isə İrəvan qalasını ələ keçirmişdilər. İrəvanın ələ keçirilməsində xüsusi xidmətlərinə görə Xüsusi Qafqaz korpusunun komandanı general İ. F. Paskeviçə “Qraf Erivanski” titulu verilmişdi. Rus qoşunlarının İrəvan xanlığını işğal etməsində ermənilər xüsusi fəallıq göstərmişdilər. Eçmiədzin kilsəsi, xüsusən də arxiyepiskop Nerses arxada təxribatla məşğul olur, rus qoşunlarına silahla yardım edirdilər. Ermənilərin Abbas Mirzənin qoşununa içəridən zərbə vurmasına aid Erməni vilayətinin rəisi A. Çavçavadze 1828-ci il mayın 21-də Paskeviçə yazmışdı: “İrəvan əyalətinin Nurnus kənd sakini erməni Hakan Harutyunov Abbas Mirzənin ordusunda topçu kimi xidmət edərkən, avqustun 17-də döyüş zamanı top atəşini rus qoşunlarına deyil, əks istiqamətə – İrəvan xanının qoşunlarına tərəf yönəltdiyi diqqəti cəlb etmişdir. Harutyunov onun hərəkətinin diqqəti cəlb etdiyini duyan kimi döyüş meydanından qaçmışdır. Ancaq bədbəxtlikdən Eçmiədzin monastırının yaxınlığında tutulmuşdur. İrəvan sərdarı Hüseyn xan onun gözlərini çıxarmış, burnunu, dodaqlarını və dabanlarını kəsmişdir.” Paskeviç Erməni vilayətinin idarəsinə 1828-ci il iyulun 4-də göndərdiyi məktubda bildirmişdir ki, müharibə zamanı xanlığın ərazisində rus komandirlərinin məktubunu gəzdirdiyinə görə Astvatsaturovanın ərini öldürmüş, rus generalı Benkendorfun dəstəsinə bələdçilik etdiyinə görə isə Hovhannes Əsliyanın gözlərini çıxarmış, burnunu və dilini kəsmişdilər. Arxiyepiskop Nersesin təqdimatı ilə hər üç ailəyə 10 çervon qızıl verilmiş, onların ailəsinə 30 manat təqaüd kəsilməsi qərara alınmışdı. 1828-ci il yanvarın 25-də imperator buyruğu ilə arxiyepiskop Nerses İranla müharibə zamanı göstərdiyi sədaqətə, səyinə və şücaətinə görə müqəddəs Aleksandr Nevski ordeni ilə təltif edilmişdi. Rus ordusunun İrəvan şəhərinin ətraf bölgələrini işğal etdiyi zaman həmin ərazilərdən müsəlman əhalisinin didərgin edilməsi haqda Paskeviç 1827-ci il iyulun 27-də qraf Nesselorda göndərdiyi məktubunda bildirmişdi ki, qaraqapaqlardan 100 ailə və ayrımlardan 300 ailə Qarsa qaçmışlar, qüvvətli Uluxanlı tayfasından 600 ailə Bayazidə, müsəlman cəlali kürdləri isə Muşa qaçmışlar. Qaraqapaqlardan digər 800 ailə isə Arazı keçib Həsən xanın (İrəvan xanı Hüseyn xanın qardaşı) dəstəsinə birləşmişlər. Onlarla birlikdə cəmədinli kürdləri (700 ailə), birukilər (400 ailə), dovmanlılar (400 ailə), çobankərəlilər (200 ailə), zilanlı kürdləri (1000 ailə) sərhəddən o taya – Türkiyəyə keçmişlər. İrəvan xanlığının ərazisində yeni rus üsul-idarəsi tətbiq etmək üçün Paskeviçin əmri ilə 1827-ci il noyabrın 6-da İrəvan müvəqqəti idarəsi yaradılır və yerli qoşunların komandanı, general Krasovski rəis təyin edilir. Arxiyepiskop Nerses Aştarakesi idarənin üzvü olur. Krasovskinin Nersesə verdiyi qeyri-məhdud səlahiyyətlər sayəsində ermənilər istədiklərinə nail olurlar. Müharibədən çıxmış əhaliyə paylamaq üçün verilən 4500 çetvert taxılın böyük hissəsi sayca azlıq təşkil edən ermənilərə paylanmışdı. Müsəlmanlar dövlət himayəsindən məhrum edilmişdilər. Bununla əlaqədar Paskeviç baş Qərargah rəisinə göndərdiyi məktubunda yazırdı: “Mən təsəvvür etməzdim ki, Krasovski yalnız Nersesin iradəsi ilə hərəkət edəcək, mənim ona verdiyim təlimata məhəl qoymayıb, yenicə ələ keçirilmiş əyalətin idarə edilməsi qayğısına qalmayacaq, bütün əhalinin dörddə üçünü təşkil edən müsəlmanlara himayədarlıq etməyəcək, lazımi vəsait ayırmayacaq.” Yerli müsəlmanlar arasında narazılığın artması əhalini yaşadıqları yerlərdən köçüb sərhədin o tayına keçməyə vadar edirdi. Rusiyadan narazı əhalinin sərhədin o tayında cəmlənməsi Paskeviçi narahat edirdi, Ona görə də o, Nersesi İrəvan müvəqqəti idarəsindəki fəaliyyətindən uzaqlaşdırmışdı. Türkmənçay müqaviləsi imzalandıqdan sonra Paskeviç general Krasovskini rəis vəzifəsindən azad etmiş, müsəlmanlara qarşı bəd əməllərindən əl çəkməyən Nersesi isə Bessarabiyaya sürgün etdirmişdi. 1827-ci ilin sonu, 1828-ci ilin əvvəli rus qoşunları Cənubi Azərbaycanın Təbriz, Xoy, Urmiya, Salmas və Ərdəbil şəhərlərini ələ keçirirlər. 1828-ci il fevralın 10-da Təbriz-Tehran yolunun üstündə yerləşən Türkmənçay kəndində bağlanan müqavilə ilə 1826-1828-ci illər Rusiya-İran müharibəsinə son qoyulur. Bu müqavilə ilə İrəvan və Naxçıvan xanlıqları bütünlüklə Rusiyanın ərazisinə qatılır. Martın 20-də I Nikolay bu müqaviləni təsdiq edir və ertəsi gün Erməni vilayəti yaradılması haqqında fərman verilir. Fərmanda deyilir: “İranla bağlanmış müqaviləyə əsasən İrandan Rusiyaya birləşdirilən İrəvan və Naxçıvan xanlıqlarını bundan sonra “Erməni vilayəti” adlandırmağı hökm edir və öz titulumuza daxil edirik. Həmin vilayətin quruluşu və onun idarə edilməsi qaydası haqqında ali
senat lazımi fərmanları öz vaxtında alacaqdır.” Erməni vilayəti İrəvan və Naxçıvan əyalətlərinə və Ordubad dairəsinə bölünmüşdü. İrəvan əyalətinə keçmiş İrəvan xanlığının 15 mahalı, Naxçıvan əyalətinə 5 mahal və Ordubad dairəsinə 5 mahal daxil idi. Vilayət idarəsinin rəisi vəzifəsinə yerli qoşunların komandanı Aleksandr Çavçavadze təyin edilmişdi. 1829-cu ilin əvvəlində qraf Paskeviç- Erivanskinin tapşırığı ilə kollec assesoru İ. Şopen erməni vilayətində kameral siyahıyaalma keçirmişdir. Əlyazması 20 cilddən ibarət olan bu siyahıyaalmanın nəticələri müəllifin 1852-ci ildə nəşr edilən ” Erməni vilayətinin Rusiya imperiyasına birləşdirilməsi dövrünün tarixi abidəsi” əsərində verilmişdir. İ. Şopenə görə Erməni vilayətində 752 kənd olmuşdur. Onlardan 521-i İrəvan əyalətində, 179-u Naxçıvan əyalətində, 52-si Ordubad dairəsində olmuşdur Müharibə nəticəsində vilayətin ərazisində 359 kənd, o cümlədən 310 kənd İrəvan əyalətində, 42 kənd Naxçıvan əyalətində, 6 kənd Ordubad dairəsində xaraba qalmış, əhalisi didərgin düşmüşdü. Deməli, dağıdılmış, xaraba qoyulmuş kəndlərlə birlikdə Erməni vilayətində cəmisi 1111 kənd olmuşdur. İ. Şopenin hesablanmasına görə, xanlıqların işğal edilməsinədək Erməni vilayətinin ərazisində təxminən 23.730 ailə (İrəvan əyalətində 17.000 ailə, Naxçıvan əyalətində 4.600 ailə, Ordubad dairəsində 2.130 ailə) yaşamışdır ki, orta hesabla, hər ailədə 5 nəfər götürdükdə, bu, 118.650 nəfər təşkil edir. Siyahıyaalmanın nəticələrinə görə, vilayətdə 81.749 müsəlman və 25.131 yerli erməni qeydə alınmışdır. Bu siyahıyaalınmanın üstün cəhəti ondadır ki, ayrı-ayrı yaşayış məntəqələri üzrə İrəvandan və Türkiyədən köçürülən erməni ailələrinin sayı və onların hansı yaşayış məntəqəsində məskunlaşdırıldıqları göstərilmişdir.
1840-cı ildə Erməni vilayəti buraxılır. Əvəzində təşkil edilən İrəvan qəzası Gürcü-İmeretin quberniyasının tərkibinə daxil edilir. 1849-cu ildə İrəvan, Aleksandropol, Naxçıvan, Ordubad və Novo-Bayazid Yeni Bayazid qəzalarından ibarət İrəvan quberniyası təşkil edilir və 1917-ci ilə qədər bu struktur dəyişməz qalmışdır. (Vaqif Arzumanlı, Nazim Mustafa, Tarixin qara səhifələri. Bakı, 1998, səh. 18-24)